宇宙存在着物质宇宙，那是包了含数千个智慧文明的常规星系，而有一天，来自虚空裂隙的可怕反派“虚空噬星团”对物质宇宙进行了全面入侵，为了阻止他们，地球联合政府灵魂警探SD，通过古老文明遗留的跨星系传送网络，连接各文明核心星球，通过宇宙中普遍存在的“灵魂能量”，承担了探索宇宙，拯救文明的任务。
被传说中的英雄们选拔出的CRT精英团队CR踏上了拯救文明，探索宇宙的道路。
父母来自不同宇宙的陆序，一出生就拥有强大的灵魂能量，突然有一天，被人托付了索兰特水晶剑，并被选为精英团队CR的一员，一场伟大的冒险开始了。
