物理学博士神宫寺秋,在一次对撞机实验事故后,魂穿到了一个忍者世界,成了忍者学校里一名成绩垫底的吊车尾。这个世界,人们敬畏查克拉,将其视为神赐的超凡能量。但神宫寺秋却惊愕地发现,所谓的查克拉,其本质竟然可以完全用他熟悉的物理定律来解释!能量守恒、电磁感应、流体力学…当其他人还在苦苦冥想“心眼”、感受“自然能量”时,神宫寺秋已经开始计算手里剑的最佳抛物线,利用共振频率破解幻术,并通过热力学第二定律优化火遁的能量转化效率。一个用科学公式来解析忍术的“学霸”忍者,就此诞生。他将用自己的方式,颠覆这个世界的常识,走出一条前所未有的科学忍道。