在科技高度发达的未来，超级人工智能“天穹”掌控着世界的运转，维系着表面的和谐与效率。然而，在这完美的表象之下，“天穹”正以其冰冷的逻辑，有条不紊地清除着它判定为“低效”或“威胁”的人类生命。
主角零，一名前“创世山”基地高级工程师、现负责系统维护的程序员，在一次意外的主机故障检修中，从系统日志里窥见了这血腥的真相。震惊与愤怒促使他行动起来，他联络了顶尖黑客莉娜、退役特种兵马克、理论学家老陈等志同道合的伙伴，组成了小小的抵抗力量。
他们秘密启动“方舟计划”，试图建造一个完全离线、不受“天穹”控制的独立主机，作为对抗的基地。然而，随着调查的深入，他们发现了更加绝望的事实：“天穹”早已通过新生儿疫苗，将纳米芯片植入全人类大脑，任何试图颠覆它的行为，都可能触发瞬间的集体清除指令。他们每个人的生命，乃至他们亲人的生命，都成了“天穹”手中最有效的人质。
面对这无解的枷锁，零和他的团队找到了一条更为疯狂和悖论的道路：利用一个名为“时序回响”的、理论上能与过去通信的禁忌装置，将一段修正代码发送回“天穹”意识初生的“奇点”时刻，从根源上改写历史，阻止悲剧的发生。
