故事始于地球程序员林默被强制传送至一个阶级森严的异世界诺亚，并因对世界底层“源初代码”的特殊亲和力（显现为“红色反应”）而被系统判定为“罪人”。在逃亡中，他结识了反抗组织“暗流”的领袖萨菲拉与技术专家埃兹拉，逐步揭开诺亚世界的真相：它本是包括其祖先“先驱”在内的多维科学家创建的乌托邦，但已被篡权者腐化为压迫系统。林默觉醒能力，最终重置系统，瓦解阶级，但先驱残留的意识警告他，真正的维度级威胁“同化者”即将来临。
系统重置后，诺亚与地球建立“桥梁”，形成多元文明共存的“新区”和“融合联盟”。然而，旨在吞噬文明多样性、将万物归于“终极静默”的古老威胁“同化者”被新世界的活力吸引而来。林默率领“开拓者号”小队深入维度深渊，找到先驱留下的知识宝库“万识之树”及对抗线索“守夜人”。在最终决战中，林默牺牲自我，重创“同化者”的主动意识，但其庞大的逻辑本体并未消失，而是化为一片惰性的、散发“静默”引力的【希望之海】，威胁以另一种形式潜伏。
