在圣杯战争的终末，惨遭英雄王吉尔伽美什剜心夺取圣杯的伊莉雅斯菲尔·冯·爱因兹贝伦，在死亡瞬间却被体内爆发的圣杯之力抛入了一个和平的平行世界。她的意识覆盖了此界正进行第一次魔法少女战斗的“伊莉雅”，于剧痛中，前世作为小圣杯的证明——全身的令咒骤然显现。在远坂凛与露维亚瑟琳塔·艾德费尔特，以及另一位被选中的少女卫宫美游震惊的目光中，伊莉雅以血为引，刻画出了绝不应存在于此世的召唤之阵——来自英灵座的狂战士应召而来！当神话的英雄斩灭阴影，第一张职阶卡（Rider）入手之时，命运的齿轮已彻底脱轨。背负着两个世界的宿命，身兼魔法少女与圣杯容器双重身份的伊莉雅，她的征途就此展开！
