现代的林辰意外穿越到柯南世界，为了生存与寻找回现实世界的路，他创建了“白集团”与精英行动小队“界小队”，并逐渐结识柯南、灰原哀、基德、服部平次等伙伴，卷入一场围绕“时空晶石”的跨国阴谋。
起初，林辰一行人对抗由“资”领导的神秘组织，该组织妄图用“时空晶石”操控人类意识。从卡萨布兰卡的蓝色清真寺争夺“暗夜之核”，到埃及金字塔揭穿“资”的真面目（实为林辰父亲当年的合作伙伴，杀害林辰父亲后窃取研究成果），最终成功阻止“资”的“意识归位”计划。
然而危机未消，“资”背后的更大势力“权组织”浮出水面——其成员多为世界强国高层，掌控全球经济与政治命脉。“权组织”以永生研究为诱饵邀请林辰遭拒后，转而对“白集团”与铃木集团发动经济打压，甚至动用军事力量发布国际通缉令，将林辰一行人逼至逃亡之路。
林辰团队被迫逃至太平洋无人岛，后在挪威情报负责人埃里克（后成为卧底）与“权组织”叛逃者“北极星”（丹麦、冰岛等国实际掌控者）的帮助下，逐步站稳脚跟。他们先解救“北极星”被囚禁的家人，策反埃里克潜伏“权组织”传递情报，又在南极冰原与“权组织”数万军队周旋，虽未能直接获取关键的“时空核心”，却摧毁了对方
