现代农学院研究生林大河穿越到了崇祯六年。醒来时，他面对着发霉的糙米和系统发布的荒诞任务——三天内种出食物，否则学驴叫三日。为了生存，他凭借现代知识，用夜壶改造滴灌装置，却被村民误以为得了“夜壶痴病”，流言四起。而收税的周粮长更看上了他那包抗旱土豆种。
在系统指引下，林大河发现村民眼中的毒草竟是马铃薯，他试图证明其可食用，却被当成乞丐。系统的新任务接踵而至，改良堆肥技术、制作捕鼠机关…他一边应对任务，一边还要面对周粮长的刁难。在一次意外中，他发现周粮长与十五年前赈粮盗卖案有关，而此时，马姨娘的出现更是让局势变得扑朔迷离。
随着故事推进，林大河凭借智慧和勇气，一次次化解危机。他用现代农学知识改良土地、挖掘地下水道、应对流侵袭，甚至在官军征调壮丁时，巧妙化解危机。他与崔小满的感情也在共同经历的磨难中逐渐升温，但马姨娘的神秘身份和背后的阴谋始终如影随形。
在完成终极任务后，林大河本以为可以过上平静生活，但系统突然弹出一条神秘信息——“真正的敌人还未现身”。此时，崔小满递给他一本破旧的笔记，上面记录着一个古老而危险的预言，似乎与村子的未来息息相关。林大河意识到，这场跨越时空的冒险，还远未结束…
