一颗外来的小行星即将撞击地球，在地月系内被成功拦截并炸成碎片。这些碎片穿越大气层，在短短一周内散落全球各地——而这，便是“舰娘核心”的起源。
完整的碎片被称为舰娘核心，不完整的则称为辅助核心。通过向核心中添加各类材料，便可将其激活，诞生出一位位美丽的少女。这些少女能够沟通自身携带的异次元空间，召唤出早已刻录在核心中的宇宙飞船——但只有完整核心才能召唤出功能齐备的完整飞船，其持有者扮演着类似“舰长”的角色。
不完整的辅助核心同样能激活少女，却会依据保留的功能划分为不同类别：火力核心、探测核心、能源核心等。这些残缺核心所诞生的舰娘，需要通过权限接入完整核心的舰娘，从而获得操控飞船各个分区的资格。与此同时，激活核心的人类也因大脑开发而觉醒出相应的“提督网络”——根据核心类型，会分别形成指挥官网络、火力网络、探测网络、能源网络等，通过提升网络强度从而提高舰娘的各项属性（就像升级与加点）
人们和舰娘，分工协作，使飞船得以发挥完整功能。
正是这套体系，将人类带入了波澜壮阔的太空航海时代。
