世界第一刺客“夜隼”在任务中遭到背叛身亡，再睁眼时，却成了东京都立樱花高中的娇小女高中生。
更糟的是，脑海里的神秘系统冷冰冰地宣布：
欢迎成为魔法少女，请拯救世界。
夜隼看着变身道具和粉到刺眼的战斗设定，陷入沉默。她明明只擅长潜行、暗杀、审讯和抹除目标，现在却要穿着魔法少女战斗服，正面迎战吞噬负面情绪的灾厄兽。
为了弄清前世死亡真相、系统真正目的，以及这场重生是否只是某个巨大棋局的一部分，她决定表面执行任务，暗中反向调查。可随着旧城区灾厄巢穴、受伤的前辈魔法少女星野光、神秘转校生雾岛零接连出现，夜隼渐渐发现：所谓“拯救世界”，也许从一开始就是谎言。
