大地碎裂，以太上涌。失去了七成土地的人类龟缩在以太海中漂浮着的无数孤岛之中，借助两千五百零六座‘’灯塔”承托起文明的残骸。
异端裁判官爱德华兹受命探查灯塔熄灭的城市群洛里特，在蛛丝马迹之间，他发觉了异端们的诡谲计划，决心先下手为强的他来到了雪原中的废弃村落，希望找出计划的关键道具，却从墓地之中挖掘出了无名的少女。
“你，要成为魔法少女吗？”
在少女恸哭之际，爱德华兹向她发出了邀请，为了挽救少女，爱德华兹不得不接受神秘黑猫的怂恿，他不知道自己的一时心软会在此后给他带来多大的麻烦，有了第一次，就会有第二次。
于是，与爱德华兹签订契约的少女加入到裁判官的外编队伍之中，誓要将异端们一个不留。
空战、潜入、肃反，搭档的二人在数个国度之间辗转，探寻隐藏在以太海迷雾中的异端的真相，不知不觉间，世界因此而转动。
