近未来，一项旨在解决能源危机的先进纳米技术“源络”发生失控。纳米机器人“尘蠓”脱离了编程约束，开始吞噬特定结构的碳基物质，并将其转化为无用的灰色粉尘。这场被称为“尘寂”的灾难，在极短时间内摧毁了全球的工业基础设施，导致文明崩溃。
故事主要围绕“凌云”避难所展开，主角陈星，曾是一名年轻的纳米材料学家，也是“源络”项目的边缘参与者。他带着对过去的愧疚和对未来的希望，与退伍军人出身的避难所卫队长方锐、精通传统技艺的工程师林婉、富有洞察力的历史学者苏晴等同伴一起，领导避难所的人们，与秉持不同生存哲学的其他幸存者群体发生碰撞与合作，逐渐揭开“尘寂”背后更深层的原因，并最终发现，真正的出路不仅在于技术的修复，更在于人类对自身发展道路的深刻反思与革新。
