花果山紧邻碎星界边缘，低阶蚀灵侵扰不断。石猴孙悟空破壳即战，凭混沌本源雏形守护同族，意外触碰到三界异动的隐秘。为寻护身之器，他深入东海唤醒混沌玄铁棍，与器灵结下羁绊；见地府生死簿遭蚀灵篡改、生灵莫名消散，大闹地府改写花果山众猴生死，自此引得天庭忌惮。
初战天庭神将失利后，孙悟空偶遇隐世的菩提老祖，拜师习得本源之力掌控法门，却不知自身是“混沌石心+灵明石猴残魂+上古战神神念”的融合体，肩负改写三界规则的宿命。怒闯南天门、八卦炉中坠入碎星界、混沌火眼破封觉醒，他步步破局，竟发现天庭暗藏蚀灵卧底，而蚀灵族复苏、上古神魔大战秘辛，皆指向沉睡的上古邪神。
五行山下修持时，孙悟空与拥有纯净木本源的少年唐僧结下浅缘；为探寻蚀灵根源，他前往碎星界，与菩提老祖引荐的桀骜杨戬、灵动龙族公主敖灵组队，四人从互斥到并肩，于遗迹中挖真相、在激战中凝信任。
上古邪神率蚀灵族大举入侵，三界陷入危机，昔日仇敌放下隔阂组建联军。孙悟空解开全部封印，融合三重本源之力，领悟终极神通“混沌归一”，与混沌玄铁棍心意相通，于碎星界核心展开终极决战。他不以称霸为念，只为守护众生、净化蚀灵，重塑两界能量平衡。
