故事始于近未来，主角林明晖是一个为救治身患绝症妹妹而挣扎求存的普通青年。在被公司无情裁员的绝望之际，一场诡异的全球陨石雨带来未知能量“浊气”，导致动植物疯狂异变，文明秩序崩塌。绝境中，林明晖意外绑定【万物母种系统】，获得了培育各种神奇植物的能力。
开局，他种下治愈草莓，稳住了妹妹的病情，并通过短视频初露锋芒，引来了唯利是图的启明生物老板周启明的觊觎与威胁。利用系统解锁的铁荆棘，林明晖成功击退来犯之敌，守住了家园。随着浊气浓度上升，城市沦陷，官方组织异常现象调查局找上门，见识到他能力后，邀请他进入“曙光一号”基地进行合作。
在基地内，林明晖用治愈草莓拯救了被浊气侵蚀的战士，证明了自身无可替代的战略价值。他利用官方提供的资源，以研究为名，获取变异体样本，为系统升级提供“经验”，相继开发出能净化水源的清泉草、能强化建筑的岩石苔藓，极大提升了基地的生存与防御能力，奠定了自己的核心地位。
随着系统等级提升，林明晖解锁了雷光蒲公英等战斗植物，能力从辅助防御转向主动出击。他不再满足于偏安一隅，开始利用不断扩大的“种植领域”和功能各异的植物，主动清理污染区，收复失地，
