大学生尼尔·歌德下载了一款破解内购版的《宝可梦》游戏，却在雷雨夜被一道闪电劈中，意外穿越到了伊尼西亚大陆——一个人类与宝可梦共存的神奇世界。在这里，他遇见了创世神弗乌尔，被告知自己是被选中的训练师，肩负着对抗神秘黑暗组织"暗影议会"的使命。
然而，尼尔很快发现，这个世界并不像游戏那么简单。破解版赋予了他特殊能力——能看穿宝可梦的隐藏属性，甚至识破敌人的伪装。但这份力量背后，似乎隐藏着更大的阴谋…
从新手训练师到皇家冠军，尼尔必须与宝可梦建立羁绊，挑战道馆，揭开暗影议会的真面目。但最令他不安的是——这个世界，真的是真实的吗？
