2025年，深中通道工程扰动珠江口海底，唤醒二战日军密封舱“珊瑚泪”，变异发光藻引发“幽灵红潮”吞噬桥墩。疍民后裔、分子人类学博士海葵，能通过触摸船木读取基因记忆，她从工程暴露的船冢骸骨中，窥见1943年哑姑用藻毒反击日军的秘史。
海葵生父、基建巨头陈垣为保工程启动声波灭藻，却不知此举将危及与藻共生的疍民。跨境环保领袖陆钧（植入人工鳃的改造人）截获“珊瑚泪”样本，发现竟是哑姑DNA改造的活体武器。随着调查深入，1943年真相浮现：哑姑被迫为日军培育发光藻时暗植毒素基因，疍民用沉船封存毒藻形成船冢。
现代危机加剧：海葵掌心浮现基因图谱指向解药，陆钧人工鳃遭陈垣植入病毒，红潮中现哑姑共生藻意识体。陈垣更发现自身海水过敏源于疍民弃婴身世。当红潮吞没深圳湾，海葵率疍民以船棺搭建生物计算机，陆钧跳入藻群上传中和剂基因献祭。
最终，船冢化为2079年避难所“骨舟屿”，陈垣骸骨孕育荧光珊瑚，陆钧意识融入海洋神经网络，实现海与陆的和解共生。
