名柯：回到过去，柯南无路可退

在未来的某一天，组织的现任BOSS——“尼格龙尼”（Negroni）被逼向向了绝境。临终前他炸毁了自己所在的地方，想要自己和周围的一切同归于尽。但是机缘巧合下却穿越到了柯南元年！

刚到这里他遇到了变小的工藤新一和宫野志保，也就是江户川柯南和灰原哀！‌

随后他开始了无人知道的行动，同时让柯南感受到了前所未有的危机。

柯南发现这个突然冒出来的人可以说是六边形战士！之后更是趁着柯南不注意将灰原给蛊惑了！并且灰原竟然为了Negroni而对付他！

柯南：“灰原！这是为什么！”

灰原：“没有为什么！他是我的人！”

当屡次的失败的柯南打算决一死战时，才发现自己所想到的一切都在Negroni的掌握之中。

柯南绝望的问道：“你到底是谁！”

Negroni：“你的表现很不错啊！江户川柯南，不，应该叫工藤新一！”

灰原：“工藤，收手吧。你赢不了他的。”

琴酒：“如果Negroni要做BOSS，我会帮他解决一切。”

贝尔摩德：“银色子弹，虽然很不想承认，但是你确实输的很惨啊。”