当华国国安特工池田辉（代号「青龙」）以帝丹小学美术教师的身份潜入东京，一场横跨十年的文物谍战与生化危机就此拉开序幕。他的目标是追查与黑衣组织关联的华国文物走私网络，却在首次任务中与服用APTX4869变小的灰原哀狭路相逢——藏于祖母绿胸针内的改良版解药数据，成为组织与红方争夺的核心。
表面上，池田用画笔描绘着樱花与青花瓷的课堂；暗地中，他的唐刀「千鸟」随时劈开加密文件柜，与柯南建立的「银色风暴」频道里流动着摩尔斯电码与战术坐标。当灰原因数据泄露遭组织追捕，池田的「双重身份」如瓷器开片般裂痕尽显：美术教案里藏着国安部密令，写生颜料中调和着APTX抗体，就连送给学生的樱花标本，都暗藏着富士山地下基地的虹膜锁密码。
从东京塔的狙击对峙到伦敦眼的索降逃生，从横滨港的文物走私船到兵马俑地宫的纳米机器人军团，红方势力在「青花瓷」「潘多拉之盒」等文明符号中编织罗网。而IF线的蝴蝶效应更将故事推向多维深渊：灰原自愿回归组织成为「暗黑淑女」，柯南永久恢复成工藤新一踏入警视厅，甚至池田本人在平行世界中戴上「那位大人」的戒指…
当贝尔摩德的克隆体身份揭晓，当乌丸莲耶的纳米机器人组成「永生之躯」
